Im Mai ist das Wetter in Zamboanga meist heiß. Die durchschnittliche Tagestemperatur im Mai beträgt etwa 28 Grad über Null. Im Durchschnitt hat Zamboanga im Mai 27 Regentage. Es regnet normalerweise stark. Mai sowie im Januar, Februar, März, und April sind die ungünstigsten Monate, um Zamboanga zu besuchen.