Juni di Yokohama adalah bulan paling sering turun hujan dalam setahun. Pada Juni, cuaca Yokohama biasanya hangat. Suhu tinggi harian rata-rata pada Juni adalah sekitar di atas nol. Rata-rata, Yokohama memiliki , , , dan 1 hari sebagian berawan pada Juni. Hujan biasanya lebat. Juni dianggap waktu paling baik untuk mengunjungi Yokohama.