През юни, времето в Ваныш-Алпаутово обикновено е топъл,. Средната дневна висока температурапрез юни е около22 градуса над нула. Средно в Ваныш-Алпаутово има 15 дъждовни, 11 слънчеви и 4 дни с променлива облачност през юни. Дъждовете са обикновено умерена.