U septembar, vreme u Stony Brook je običnotopao. Prosečna dnevna temperatura u septembar je oko22 stepeni iznad nule. U proseku Stony Brook ima 14 sunčanih, 8 kišnih, i 8delimično oblačnih danau septembar. Kiša su obično velike. Septembar smatra se najboljim vremenom za posetu Stony Brook.