În septembrie, vremea în este, de obicei, caldă. În medie, temperatura înaltă zilnică în septembrie este cu aproximativ 25 grade peste zero. În medie, São Tomé are 20 zile înnorate, 8 zile ploioase, 1 zi însorităși 1 zi parțial înnorată în septembrie. Ploile sunt, de obicei, moderate.