September di Puerto Natales adalah bulan paling cerah dalam setahun. Pada September, cuaca Puerto Natales biasanya dingin. Suhu tinggi harian rata-rata pada September adalah sekitar di atas nol. Rata-rata, Puerto Natales memiliki , , , dan pada September. Hujan biasanya ringan. September, Februari, Maret, dan April dianggap waktu paling baik untuk mengunjungi Puerto Natales.