Pada Juni, cuaca Merauke biasanya hangat. Suhu tinggi harian rata-rata pada Juni adalah sekitar di atas nol. Rata-rata, Merauke memiliki , , , dan 1 hari sebagian berawan pada Juni. Hujan biasanya lebat. Juni, Februari, Maret, dan April dianggap waktu paling baik untuk mengunjungi Merauke.