Pada Mei, cuaca Manokwari biasanya hangat. Suhu tinggi harian rata-rata pada Mei adalah sekitar di atas nol. Rata-rata, Manokwari memiliki , 1 cerah, 1 berawan, dan 1 hari sebagian berawan pada Mei. Hujan biasanya lebat. Mei, Februari, Maret, dan April dianggap waktu paling baik untuk mengunjungi Manokwari.