Im April ist das Wetter in Manokwari meist warm. Die durchschnittliche Tagestemperatur im April beträgt etwa 25 Grad über Null. Im Durchschnitt hat Manokwari im April 29 Regentage. Es regnet normalerweise stark. April sowie im Januar, Februar, März, und Mai sind die ungünstigsten Monate, um Manokwari zu besuchen.