През юни, времето в Көктөбе обикновено е топъл,. Средната дневна висока температурапрез юни е около25 градуса над нула. Средно в Көктөбе има 13 дни с променлива облачност, 12 слънчеви и 5 дъждовни дни през юни. Дъждовете са обикновено леки.