През септември, времето в Карачаевск обикновено е топъл,. Средната дневна висока температурапрез септември е около18 градуса над нула. Средно в Карачаевск има 23 слънчеви, 4 дъждовни и 3 дни с променлива облачност през септември. Дъждовете са обикновено леки.