Im September ist das Wetter in Kangerlussuaq meist kalt. Die durchschnittliche Tagestemperatur im September beträgt etwa 3 Grad über Null. Im Durchschnitt hat Kangerlussuaq im September 11 trübe Tage, 9 Tage mit wechselnder Bewölkung, 7 heitere Tage, 2 Regentage, und 1 Schneetag. Es regnet normalerweise leicht.