През юни, времето в Hluboka nad Vltavou обикновено е топъл,. Средната дневна висока температурапрез юни е около19 градуса над нула. Средно в Hluboka nad Vltavou има 12 дъждовни, 10 слънчеви и 8 дни с променлива облачност през юни. Дъждовете са обикновено силни.