Im Juni ist das Wetter in Flensburg meist warm. Die durchschnittliche Tagestemperatur im Juni beträgt etwa 17 Grad über Null. Im Durchschnitt hat Flensburg im Juni 14 Regentage, 9 heitere Tage, und 7 Tage mit wechselnder Bewölkung. Es regnet normalerweise mäßig.