През септември, времето в Якты-Куль обикновено е топъл,. Средната дневна висока температурапрез септември е около14 градуса над нула. Средно в Якты-Куль има 10 дни с променлива облачност, 7 дъждовни, 7 слънчеви и 6 облачни дни през септември. Дъждовете са обикновено леки.