În septembrie, vremea în este, de obicei, caldă. În medie, temperatura înaltă zilnică în septembrie este cu aproximativ 25 grade peste zero. În medie, Agia Pelagia are 29 zile însorite în septembrie. Ploile sunt, de obicei, ușoare. Septembrie, iunie, iulieși august se consideră cea mai favorabilă perioadă pentru a vizita Agia Pelagia.